歷史沿革：

 本校綜合性業務，向由校長室（學院時代稱院長室）承辦綜核文稿、大凡全校性工作計畫彙編、校（院）務會議、行政會議、單位間處理共同業務之聯繫及校（院）長交辦等事項，英專時期依組織規程第八條規定，僅置秘書一人。民國58年12月1日，正式成立秘書處，以適應學校發展之需要。

     民國69年改制為大學，秘書處業務擴大，主任秘書亦改稱為秘書長。於此期間，秘書處積極推展組織系統之規劃工作，將秘書處下分設文書組、機要組、議事組、畢業生就業輔導組及法規審議委員會。民國76年，辦公地點由城區部（今稱台北校園）改至校本部（今稱淡水校園），同年2月1日至3月31日，文書組改隸總務處，4月1日又恢復隸屬秘書處，83年增置校友聯絡組。

     84學年度，配合新大學法施行，修正本校「組織規程」，秘書處改稱秘書室，且不分組，文書組改隸總務處。而校友聯絡組、畢業生就業輔導組改隸大學發展事務處，秘書長亦改稱為主任秘書。

     100學年度，配合學校組織調整，秘書室名稱改回秘書處，文書組改隸秘書處，主任秘書亦改回秘書長。秘書處為直屬校長之行政一級單位

     108學年度，配合組織整併，修正本校「組織規程」，淡江時報社改隸秘書處。目前編制內專任人員各服務於董事會、校長室、副校長室、秘書處等。

歷任主管：